故事发生在名为樱新小镇之中，在这里，人类和妖怪在和平的表象之下共同生活着。然而，盛开的樱花带来的是危机的预兆，越来越多的妖怪出现在这里，人类和妖怪的世界也开始产生融合。为了应对这场危机，“比泉

ハロウィンで賑わう渋谷駅周辺に突如“帳”が降ろされ大勢の一般人が閉じ込められる。　　そこに単独で乗り込む現代最強の呪術師・五条悟。だが、そこには五条の封印を目論む呪詛師・呪霊達が待ち構えていた。

　　　　故事开端为第一季故事的七年之后。　　高达模型对战的规则被革新，亦令其对战更受欢迎。　　虽然伊织诚和岭司得到第7回敢达模型对战世界大赛的冠军，也令学校圣凤学园沾光不少。不过，其“高达模型对战部”

　　かつて人間界を恐怖に陥れた妖邪界の封印が解けると、数多の妖邪兵が侵攻を開始した。人類の危機に駆けつけたのは、若き五人のサムライたち。その名は、サムライトルーパー！！彼らの闘いの日々が、新たに幕を開